在披衣菌屬(genus)成員中，會感染人類較常見的有三個種(species)，分別是砂眼披衣菌(Chlamydia trichomatis)、肺炎披衣菌(Chlamydia pneumoniae)、和鸚鵡披衣菌(Chlamydia psitassi)。其中後二者會引起肺炎，而砂眼披衣菌則引起性交傳染病。
砂眼披衣菌感染是婦女最常見的性交傳染病。在美國女性每年有一百三十萬個新病例出現，新生兒每年也有二十四萬七千個新病例出現。在台灣一個小型研究顯示，一年中所篩檢的婦女有百分之三十三感染披衣菌，其中大部份是無症狀的。
砂眼披衣菌是專性寄生人類細胞的細菌，由於其體積很小，比其他細菌和人類細胞小很多，剛開始發現時甚至被誤認是濾過性病毒。它感染人類是像濾過性病毒一樣的細胞內感染，故而藥物不易到達其所在地。砂眼披衣菌的生活史分為二個階段，有感染力的稱作基體，是一種濃縮狀態。當基體感染進入細胞內之後則放鬆成為網狀體，進而利用細胞內資源進行複製工作。複製完成後再濃縮成為基體破細胞而出，感染另一個細胞。基體的構造分為外側被膜和內側核心，核心是其去氧核醣核酸即基因所在，而被膜上則有許多抗原結構，其中有屬抗原(一種脂多醣類)、種抗原和血清型抗原(蛋白質類)。
砂眼披衣菌依據血清型抗原目前已知有十八種血清型，分別命名為A,B, Ba,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L1,L2,L3. 其中B,D,E,F,G,H,I,J,K型主要感染生殖泌尿系統，造成性交傳染病，包括 -- 巴氏腺炎、子宮頸炎、子宮內膜炎、輸卵管炎、卵巢炎、骨盆腔炎、尿道炎等。新生兒經過感染母親的陰道會造成化膿性結膜炎(機率為20-30%, 約生產數週後發病) 和肺炎(約生產後二週至三個月發病)。男性感染主要為尿道炎，同性戀者則有直腸肛門炎發生。A,B,Ba,C型會引起流行性砂眼，嚴重者可導致眼盲。L1,L2,L3 三型則引起傳統的性病 -- 花柳性淋巴肉芽腫。
大部份的砂眼披衣菌感染是以子宮頸炎表現，其中 70% 以上沒有自覺症狀，有些有黃色黏膿性分泌物、外陰搔癢等症狀，內診時可見子宮頸外觀成為生牛肉狀糜爛。當病人抵抗力差的時候，披衣菌衝破子宮頸的防護網而往上蔓延，經子宮內膜、輸卵管至腹腔，引起骨盆腔炎，其症狀為發燒、寒顫、急性腹痛、全身虛弱等。至於由L1,L2,L3三型所引起的花柳性淋巴肉芽腫，通常病菌從陰部黏膜入侵人體後，會延血液循環或淋巴循環往上蔓延，直至定居在腹股溝淋巴結或直腸淋巴結，造成淋巴結腫大、疼痛、化膿等情形。
砂眼披衣菌的診斷，傳統上是以細胞培養為主，將檢體(例如子宮頸分泌物)收集，轉送至實驗室，經過處理後植入易感受細胞或雞胚胎作培養，經過數天後若能從中分離出砂眼披衣菌即可確診。
此方法仍是目前最可靠的方法，但其缺點為 :
一. 需花費時日
二. 需有專業的實驗室。最近由於對砂眼披衣菌基體的瞭解，已發展出一系列利用抗原或抗體來診斷的工具，包括 :
一. 直接螢光抗體檢查 -- 將檢體採集後塗抹於玻片上並烘乾，加入帶有螢光物質的單株抗體(可用屬抗體、種抗體或欲偵測之任一血清型抗體) ，經洗滌將未與抗原結合的抗體排掉後，於螢光顯微鏡下判讀，因單株抗體只會與其所對應的抗原結合，於螢光顯微鏡下可見到螢光即可診斷檢體內含有何種抗原。
二. 酵素免疫法 -- 其原理與直接螢光抗體檢查類似，只是偵測方法改由酵素引起變色來取代螢光物質。三. 血清學檢查 -- 驗血清中是否有砂眼披衣菌的抗體，有IgG抗體表示曾感染過披衣菌，若有IgM抗體表示目前為急性期。現今分子遺傳學突飛猛進，對於各型披衣菌的基因序列均可完全掌握，因此已發展出利用聚合脢鏈反應或結合脢鏈反應來放大檢體中某段披衣菌基因序列，再經偵測方法來診斷。分子遺傳學的方法由於直接偵測披衣菌的基因序列，因此其敏感度與特異性都比較高，與細胞培養法相當，而優於抗原抗體檢查法，而其檢驗速度則與抗原抗體檢查法一樣快速。
砂眼披衣菌感染是不孕症的主要原因之一，披衣菌子宮頸炎會阻礙精子進入子宮腔內，而無症狀的披衣菌輸卵管炎會導致輸卵管結疤阻塞，造成不孕或子宮外孕。在治療方面，披衣菌對四環素類和紅黴素類感受性高，可用這二種抗生素來治療。但有時因藥物不易進入細胞內，導致治療效果不佳，像披衣菌子宮頸炎，久治不癒時，婦產科採取的是玉石俱焚的作法，用電燒、冷凍或雷射將子宮頸細胞連同其內的披衣菌一起殺掉，如此新長出來的細胞就是正常無感染的細胞了。
砂眼披衣菌感染是婦女最常見的性交傳染病。在美國女性每年有一百三十萬個新病例出現，新生兒每年也有二十四萬七千個新病例出現。在台灣一個小型研究顯示，一年中所篩檢的婦女有百分之三十三感染披衣菌，其中大部份是無症狀的。
砂眼披衣菌是專性寄生人類細胞的細菌，由於其體積很小，比其他細菌和人類細胞小很多，剛開始發現時甚至被誤認是濾過性病毒。它感染人類是像濾過性病毒一樣的細胞內感染，故而藥物不易到達其所在地。砂眼披衣菌的生活史分為二個階段，有感染力的稱作基體，是一種濃縮狀態。當基體感染進入細胞內之後則放鬆成為網狀體，進而利用細胞內資源進行複製工作。複製完成後再濃縮成為基體破細胞而出，感染另一個細胞。基體的構造分為外側被膜和內側核心，核心是其去氧核醣核酸即基因所在，而被膜上則有許多抗原結構，其中有屬抗原(一種脂多醣類)、種抗原和血清型抗原(蛋白質類)。
砂眼披衣菌依據血清型抗原目前已知有十八種血清型，分別命名為A,B, Ba,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L1,L2,L3. 其中B,D,E,F,G,H,I,J,K型主要感染生殖泌尿系統，造成性交傳染病，包括 -- 巴氏腺炎、子宮頸炎、子宮內膜炎、輸卵管炎、卵巢炎、骨盆腔炎、尿道炎等。新生兒經過感染母親的陰道會造成化膿性結膜炎(機率為20-30%, 約生產數週後發病) 和肺炎(約生產後二週至三個月發病)。男性感染主要為尿道炎，同性戀者則有直腸肛門炎發生。A,B,Ba,C型會引起流行性砂眼，嚴重者可導致眼盲。L1,L2,L3 三型則引起傳統的性病 -- 花柳性淋巴肉芽腫。
大部份的砂眼披衣菌感染是以子宮頸炎表現，其中 70% 以上沒有自覺症狀，有些有黃色黏膿性分泌物、外陰搔癢等症狀，內診時可見子宮頸外觀成為生牛肉狀糜爛。當病人抵抗力差的時候，披衣菌衝破子宮頸的防護網而往上蔓延，經子宮內膜、輸卵管至腹腔，引起骨盆腔炎，其症狀為發燒、寒顫、急性腹痛、全身虛弱等。至於由L1,L2,L3三型所引起的花柳性淋巴肉芽腫，通常病菌從陰部黏膜入侵人體後，會延血液循環或淋巴循環往上蔓延，直至定居在腹股溝淋巴結或直腸淋巴結，造成淋巴結腫大、疼痛、化膿等情形。
砂眼披衣菌的診斷，傳統上是以細胞培養為主，將檢體(例如子宮頸分泌物)收集，轉送至實驗室，經過處理後植入易感受細胞或雞胚胎作培養，經過數天後若能從中分離出砂眼披衣菌即可確診。
此方法仍是目前最可靠的方法，但其缺點為 :
一. 需花費時日
二. 需有專業的實驗室。最近由於對砂眼披衣菌基體的瞭解，已發展出一系列利用抗原或抗體來診斷的工具，包括 :
一. 直接螢光抗體檢查 -- 將檢體採集後塗抹於玻片上並烘乾，加入帶有螢光物質的單株抗體(可用屬抗體、種抗體或欲偵測之任一血清型抗體) ，經洗滌將未與抗原結合的抗體排掉後，於螢光顯微鏡下判讀，因單株抗體只會與其所對應的抗原結合，於螢光顯微鏡下可見到螢光即可診斷檢體內含有何種抗原。
二. 酵素免疫法 -- 其原理與直接螢光抗體檢查類似，只是偵測方法改由酵素引起變色來取代螢光物質。三. 血清學檢查 -- 驗血清中是否有砂眼披衣菌的抗體，有IgG抗體表示曾感染過披衣菌，若有IgM抗體表示目前為急性期。現今分子遺傳學突飛猛進，對於各型披衣菌的基因序列均可完全掌握，因此已發展出利用聚合脢鏈反應或結合脢鏈反應來放大檢體中某段披衣菌基因序列，再經偵測方法來診斷。分子遺傳學的方法由於直接偵測披衣菌的基因序列，因此其敏感度與特異性都比較高，與細胞培養法相當，而優於抗原抗體檢查法，而其檢驗速度則與抗原抗體檢查法一樣快速。
砂眼披衣菌感染是不孕症的主要原因之一，披衣菌子宮頸炎會阻礙精子進入子宮腔內，而無症狀的披衣菌輸卵管炎會導致輸卵管結疤阻塞，造成不孕或子宮外孕。在治療方面，披衣菌對四環素類和紅黴素類感受性高，可用這二種抗生素來治療。但有時因藥物不易進入細胞內，導致治療效果不佳，像披衣菌子宮頸炎，久治不癒時，婦產科採取的是玉石俱焚的作法，用電燒、冷凍或雷射將子宮頸細胞連同其內的披衣菌一起殺掉，如此新長出來的細胞就是正常無感染的細胞了。
